De naam Academie verwijst naar de school die Plato in 387 v. Chr. oprichtte even buiten Athene in de buurt van de tempel van Academos, een held uit de Trojaanse oorlog. Deze naam werd opgediept in de XVde eeuw in Italië, toen geleerden zich verenigden en discussiegroepen vormden rond voornamelijk drie polen: filosofie, taal en wetenschap. Zij wilden onder andere de natuur, bedoeld als samenhang van de kosmos, op een experimentele manier benaderen, vrij van overgeleverde, veelal foutieve ideeën. Dit gaf nieuwe impulsen aan de methodiek voor de verwerving van inzicht en kennis en bracht de moderne wetenschap op gang: er ontstonden academies voor wetenschappen in Rome (Accademia dei Lincei, 1603), Londen (Royal Society, 1660), Duitsland (1652), Parijs (1666) en eindelijk ook in Brussel (1772), met name de Keizerlijke en Koninklijke Academie voor Wetenschappen en Letteren van Brussel, in een periode dat de Zuidelijke Nederlanden onder de voogdij stonden van de Oostenrijkse keizerin Maria Theresia. Laatstgenoemde Academie werd echter afgeschaft toen de Zuidelijke Nederlanden als Belgische departementen bij de Franse republiek werden ingelijfd. Ze werd heropgericht in 1816 door Willem I, vorst van het Verenigd Koninkrijk der Nederlanden, en werd in 1845, 15 jaar na de totstandkoming van het koninkrijk België, uitgebreid met een afdeling kunsten. In die eerste periode was de Academie ondergebracht in enkele lokalen van de Koninklijke Bibliotheek, nu bekend als het Paleis van Karel van Lorreinen. Het Paleis der Academiën was in oorsprong de woning van kroonprins Willem van Oranje en zijn vrouw Anna Paulowna. Het werd tussen 1823 en 1828 in neoclassicistische stijl opgetrokken, naar de plannen van architect Charles Van der Straeten, later opgevolgd door Tilman- François Suys.
Ondertussen was er in 1841 een aparte Academie voor geneeskunde ontstaan. Die Academies waren uiteraard overwegend Franstalig en de Vlaamse voorvechters streefden naar een Vlaamse Academie. Hun doorzettingskracht werd 45 jaar later beloond met de oprichting van een Academie voor Nederlandse Taal- en Letterkunde te Gent in 1886. Het duurde tot na de Eerste Wereldoorlog vooraleer in 1930 de Gentse universiteit werd vernederlandst en de vernederlandsing van het onderwijs in Vlaanderen op gang werd gebracht. Na een moeizame strijd, waarbij heel wat weerstand van de Franstalige intellectuele elite diende overwonnen te worden, werden in 1938 uiteindelijk Vlaamse Academies opgericht: die voor Wetenschappen, Letteren en Schone Kunsten en die voor Geneeskunde. Dit gaf evenwel aanleiding tot een verwarrende situatie met enerzijds nationale, officieel tweetalige Academies waarvan de leden uit het Noorden en het Zuiden van het land kwamen en anderzijds Vlaamse Academies. In 1971 werd daar een einde aan gemaakt door de oprichting van twee evenwaardige Academies, een Nederlandstalige, behorend tot de Vlaamse Gemeenschap en een Franstalige, behorend tot de Franstalige Gemeenschap. Hetzelfde gebeurde met de Academies voor geneeskunde. Ze huizen allemaal onder hetzelfde dak: het prestigieuze Paleis der Academiën aan de Hertogsstraat 1 te Brussel.